南京汽车客运站是铁路南京站北广场综合枢纽的重要组成部分，占地面积约4.95万平方米 ；南京汽车客运站为一级站，共设置发车位43个，下客位14个，长途停车位173个 ；站房是一座上下5层的建筑，地下2层，地上3层。其中，地下负二层为社会停车场，设有482个停车位；地下负一层为各种交通工具的换乘大厅；地上一层为汽车客运站售票厅；地上二层为候车厅；地上三层为站务用房。